一般的龟性别判断总会看泄殖孔是否粗壮，腹甲是否凹陷，泄殖孔离盾片的距离是否较远来辨别雌雄。但大鳄龟由于成年个体体型巨大，而且成熟较慢，所以在幼体或者亚成体阶段性别的判断是比较有迷惑性的。但成体的判断还是基本依赖前几种方法的。一般大鳄龟在野生状态下破壳后10年左右达到性成熟，此时一般背甲长度在40cm左右。而在5—6年，甲长在30cm以上的时候，雌雄的差别会开始慢慢明显。
以下几张图片来源自日本鳄龟生态研究所，日本一位玩家大久保君饲育个体。甲長５０㎝典型的雄性大鳄龟与甲长45cm的雌性大鳄龟的比较。
蓝色的点是泄殖孔的位置，红色弧线是整个泄殖孔的弧度和粗壮度的比较。
